מבחני אסוציאציה כלל גנומי (GWAS) בסרטן הערמונית זיהו מעל ל250 לוקוסים הקשורים בסיכון משמעותי. עם זאת, הקשר הסיבתי של הגרסאות והמנגונים של הלוקוסים הללו עדיין לא ברורים. מטרת המחקר לזהות ולאפיין אלמנטים רגולטורים המכילים סיכונים באמצעות אינטגרציה של אפיגנומים של גידולי סרטן ערמונית ראשוניים ומרקמה בריאה מ27 מטופלים שונים. האינטגרציה בוצעה דרך סימני היסטון H3K27ac, H3K4me3 ו-H3K4me2 ופקטורי שעתוק FOXA1 ו-HOXB13.
עוד בעניין דומה
במחקר שפורסם בכתב העת American Journal of Human Genetics זוהו 7,371 פסגות משמעותיות סטטיסטית ספציפיות לאלל (פסגות של לוקוס בעל מאפיין כמותי תלוי אלל [asQTL]). פסגות ה-asQTL בעלות האנוטציה הכי מעושרת בGWAS של סרטן ערמונית תורשתי הן ה- H3K27ac (פי 40). פסגות אלו היו משמעותית גבוהות יותר מאשר פסגות של H3K27ac שהן אינן asQTL (פי 14) ומאשר אזורים מקודדים (פי 14). באופן מפתיע, מיפוי GWAS עדין לגרסאות הקשורות בסיכון היה הכי מעושר בפסגות asQTL שנצפו בגידולים, כולל פסגות asQTL שהיו בעלות חוסר איזון דיפרנציאלי, גידול מול מצב תקין בהתאמה. נתונים אלו הצביעו על אלמנטים רגולטורים בעלי קשר סיבתי משוער במיקום 20 GWAS, מתוכם 11 זוהו רק בדוגמאות של הגידולים. באופן רחב יותר, asQTL ספציפים לגידול הועשרו לביטוי של לוקוסים בעלי מאפיין כמותי (QTL) ברקמות שפירות ובאזורים נגישים הנמצאים בתאי גזע דבר התומך בתיאוריה ששינויים בקוי נבט מופעלים מחדש בזמן תהליך השינוי או אחריו. ניתן לזהות שינויים אלו באמצעות אפיון אפיגנטי של הגידולים.
מחקר זה ממחיש את העוצמה של ספציפיות אלל באותות כרומטין בפענוח מנגנוני GWAS. מה שמדגיש את הרלוונטיות של רגולציה תלויית גידול בהקשר של סיכון לסרטן ומה שמעלה את העדיפות לביצוע מעקב מחקרי על מספר לוקוסים.
מקור: